Пермская Православная классическая гимназия была открыта в форме негосударственного общеобразовательного учреждения в 2002 году по благословению епископа Пермского и Соликамского Иринарха. Учредителем гимназии является Пермская епархия Русской Православной Церкви. Однако ее рождение стало результатом совместных усилий церковных структур, гражданской власти региона и бизнеса. Вместе с Владыкой Иринархом в создании гимназии приняли участие зам. Губернатора Пермской области Николай Арсеньевич Яшин, зам. Главы г. Перми Илья Григорьевич Шулькин.
В попечительский совет гимназии вошли руководители крупнейших пермских предприятий компании «Лукойл» во главе с представителем президента ОАО «Лукойл» Анатолием Андреевичем Тульниковым и почетным гражданином города Перми, генеральным директором ООО «Лукойл-Пермнефтеоргсинтез» Вениамином Платоновичем Сухаревым. Членами попечительского совета стали депутат законодательного собрания Пермской области, генеральный директор ООО «Пермрегионгаз» Игорь Николаевич Шубин, генеральный директор ОАО «Пермэнерго» Андрей Владимирович Киташев, генеральный директор ОАО Пермская финансово-производственная группа» Михаил Степанович Мусихин и др. Председателем совета был избран первый зам. Генерального директора ЗАО «Лукойл -Пермь» Всеволод Германович Бельтюков.
В соответствии с целями традиционной российской православной педагогики перед гимназией были поставлены две равные по своей значимости учебно-воспитательные задачи: обеспечить высокое качество образования, отвечающее современным требованиям и религиозно-нравственное развитие детей на основе духовных ценностей православия.
Пермская Православная классическая гимназия открыла свои двери для детей 1 сентября 2002 года. Учебные занятия начались в здании игуменского корпуса Пермского Успенского женского монастыря. Его настоятельница игуменья Мария (Воробьева) и настоятель Свято-Троице-Стефанова мужского монастыря г. Перми архимандрит Стефан (Сексяев) взяли на себя духовное руководство гимназии и стали членами ее общественно-попечительского совета.
В этот памятный год рождения гимназии к занятиям приступили 45 учеников, поступивших в 1, 2, 3 и 4 классы. В дальнейшем ежегодно планировалось добавлять по одной учебной параллели до 11 класса.
Первыми директором гимназии была назначена Елена Петровна Захарова (2002 по 2003 гг.). Через год на этом посту ее сменил Владимир Владимирович Рябухин (2003-2004 гг.) С 2004 по 2006 гг. обязанности директора исполняла Наталья Борисовна Пермякова. На плечи первых директоров легла нелегкая задача структурного выстраивания гимназии и налаживания учебно-воспитательного процесса. С 6 октября 2006 года епископом Пермским и Соликамским Иринархом впервые директором гимназии был назначен священник – протоиерей Александр Альтмарк.
Свое 5-летие Пермская православная классическая гимназия отпраздновала в 2007 году. К этой дате гимназия подошла со следующими показателями. В гимназии насчитывалось 9 классов на начальной и основной ступенях обучения. Количество учащихся увеличилось более чем в три раза и составило 140 человек. В 2007 году православная гимназия успешно прошла аттестацию и впервые получила государственную аккредитацию.
Главной назревшей проблемой этого времени была недостаточность помещений Успенского женского монастыря для расширения гимназии. Для увеличения количества учащихся и открытия 10 и 11 классов было необходимы дополнительные площади.
Первым на призыв попечительского совета откликнулась администрация города Перми. В декабре 2008 г. православной гимназии было передано здание детского сада по адресу ул.Ленина 78а. Одним из условий передачи стало использование здания по назначению. Поэтому у гимназии появилось новое структурное подразделение – православный детский сад, открывшийся в феврале 2009 года. В переданном здании также разместились классы младшей школы с 1 по 4-ый и администрация гимназии.
В августе 2008 года Пермская Православная классическая гимназия получила в пользование старинное здание Рождество – Богородицкой школы, недавно переданное Пермской епархии. Сюда были переведены средние и старшие классы (с 5 по 11). Таким образом, в сентябре 2008 г. Пермская православная гимназия обрела свое новое местопребывание, где и находится до настоящего времени.
В 2012 году Пермской православной гимназии исполнилось 10 лет. В это время количество учащихся достигло 203 человека. Гимназический детский сад имел 2 группы и 30 человек воспитанников.
В декабре 2013 года митрополит Пермский и Соликамский Мефодий назначил нового директора – протоиерея Алексия Марченко. В 2017 году Пермская Православная классическая гимназия во имя прп. Сергия Радонежского отметила свое 15-летие. По состоянию на 1 сентября 2017 года, в гимназии обучаются 245 человек. В 3 группах православного детского сада – 50 воспитанников.
8 августа 2019 года Высокопреосвященнейший Владыка Мефодий подписал указ о назначении на должность директора Пермской Православной классической гимназии иерея Петра Карелина. Отец Петр — действующий юрист Пермской епархии и клирик храма Рождества Пресвятой Богородицы. Он стоял у истоков создания гимназии и обеспечивал её юридической поддержкой с момента основания. Более того, отец Петр был рукоположен в сан иерея 8 октября 2012 года — день преподобного Сергия Радонежского и празднование десятилетия Православной гимназии.
С момента своего основания выпускниками 9 класса православной гимназии стали 96 человек. Полный курс гимназического обучения – 11 классов окончили 40 человек. Все наши выпускники получили аттестаты государственного образца. С золотой медалью гимназию окончил 1 человек. Практически все выпускники поступили в высшие учебные заведения.
Православная гимназия – это большой социально-церковный проект Пермской епархии. Ее работа нацелена на оказании помощи семьям, испытывающим различного рода трудности. В настоящее время в гимназии обучаются 29 детей из семей, имеющих статус малоимущих, 34 ребенка из многодетных семей. 11 детей из семей священнослужителей и епархиальных работников. Таким образом, гимназия решает важнейшие социальные задачи, являющиеся для Русской Православной Церкви приоритетными.